Учредитель: Валуйский городской округ, функции и полномочия учредителя осуществляются администрацией Валуйского городского округа.
Учреждение находится в ведомстивенном подчинении управления культуры администрации Валуйского городского округа.
По методическим вопросам уставных видов деятельности музей подчиняется Белгородскому государственному историко-краеведческому музею.
В структуре организации имеются архив, библиотечный фонд, ФЗК.